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• Antigen Microarrays: Auf jeder Testfläche des Arrays wird ein anderes Antigen fixiert. Enthält das Serum einer Blutprobe den dazugehörigen, spezifischen Antikörper, bleibt dieser an der Testfläche haften. Damit kann die Reaktion auf eine Vielzahl von bakteriellen Antigenen oder Allergenen gleichzeitig getestet werden. Der Erstantikörper wird in einem weiteren Inkubationsschritt von einem markierten Zweitantikörper gebunden und kann detektiert werden.

• Bei Proteindomänen Microarrays werden Fusionsproteine auf dem Array fixiert um Protein-Protein Interaktionen nachzuweisen. Das Fusionsprotein ermöglicht die zuverlässige Fixierung auf dem Array mit dem ersten Teil ohne die Interaktionsfähigkeit des anderen Proteinteils zu stören. Das aufgebrachte Protein bleibt nur an jenen Testflächen haften, an denen es zu einer Interaktion kommt.

• Ein Peptid-Microarray enthält kurze Peptidsequenzen, die je nach Methode entweder in situ synthetisiert oder aber mit Hilfe eines Laserdruckers und per Festphasensynthese direkt auf die Oberfläche aufgebracht werdencite-ref-3[3]cite-ref-4[4]. Diese Methode hat verschiedene Vorteile, u. a. geringere Synthesekosten und eine größere Anzahl an Peptiden die parallel gedruckt werden können. Peptid-Microarrays werden u. a. eingesetzt zur Profilerstellung von Enzymen, zur Untersuchung von Antikörper-Epitopen (Epitopkartierung), oder um die Aminosäuren aufzuklären, die nötig sind für Proteinbindung. In der Praxis werden Peptid-Microarrays u. a. zur Überwachung von therapeutischen Interventionen, Stratifikation von Patienten, zur Profilerstellung von Immunantworten individueller Patienten bei fortschreitender Erkrankung oder auch zur Entwicklung von diagnostischen und therapeutischen Wirkstoffen und Impfungen eingesetzt.

Ein möglicher Vorteil gegenüber DNA-Microarrays ist die schnellere Vor-Ort-Analyse von Proben, da man auf die oft notwendige Amplifikation genetischen Materials sowie die Hybridisierung verzichten kann. Zudem lassen Protein-Microarrays eine Hochdurchsatz-Analyse des Proteinlevels zu. Neueste Forschungsergebnisse lassen darauf schließen, dass mRNA- und Proteinmenge nicht immer miteinander korrelieren. Somit lässt sich von cDNA-Microarray-Ergebnissen nicht unbedingt auf die Proteinexpression schließen.

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